Dalam upaya mendukung kegiatan belajar mengajar, Yayasan PenaMas Mulia berkontribusi membangun fasilitas penunjang pendidikan seperti asrama siswa di dalam sekolah dan taman doa. Fasilitas pertama yang dibangun adalah asrama dalam kompleks gereja dan SMPK St. Mikael, Jl. Tanjung Sedari no. 49 Surabaya. Pembangunan dimulai bulan Oktober 2018 dan diresmikan 13 September 2019. Pada 19 Juni 2023, Yayasan PenaMas Mulia melakukan renovasi pada beberapa bagian tembok asrama.

Pembangunan selanjutnya adalah Taman Doa dan Gua Maria di Nawangsari, Magelang. Peletakan batu pertama dilakukan 3 September 2022. Pendanaan pembangunan dilakukan dengan berkerjasama dengan Yayasan Cahaya Budi Mulya, Temanggung.